Der HVL wurde 1980 durch Zusammenschluss der Landeskontrollverbände Kurhessen und Hessen-Nassau mit Sitz in Kassel gegründet.
Im Jahr 1991 verlegte der Verband seinen Sitz unter Zusammenführung seiner Verwaltung (bis dahin in Kassel) und seines Zentrallabors (bis dahin in Gießen) in das Tierzuchtzentrum nach Alsfeld. Mit der Entscheidung dafür trug der HVL maßgeblich zur Einrichtung und Sicherung des neuen Zentrums bei.
Als Organisation der bäuerlichen Selbstverwaltung hat der HVL den satzungsgemäßen Zweck
"... im allgemeinen volkswirtschaflichen Interesse zur Sicherung der Volksgesundheit und im Interesse der Landestierzucht sowie des Tier- und Umweltschutzes die Zucht und Haltung zu fördern sowie ihre Leistungen bzw. Erzeugnisse zu verbessern".
Er ist eine von 16 ähnlichen Organisationen in Deutschland.
Der HVL ist durch ein Netz von Kontrollangestellten und Beratern in ganz Hessen tätig. Die Kontrollangestellten werden durch nebenamtliche Probenehmer verstärkt.
Neben den bestehenden Aufgaben werden in Zukunft auch verstärkt Kontrollaufgaben, in denen die Sicherheit der Nahrungsmittel und damit der Verbraucherschutz eine besondere Rolle spielen, im Mittelpunkt stehen.
Da der HVL zum Teil Aufgaben des Landes wahrnimmt, gewährt das Land Hessen personelle und finanzielle Unterstützung.
Die Arbeit des HVL in den Bereichen Milchleistungsprüfung und Gütekontrolle unterliegt vor Ort der fachlichen Aufsicht der Sachbearbeiter für Leistungsprüfung und Gütekontrolle in den Außenstellen des LLH (Landesbetrieb Landwirtschaft Hessen).
Der HVL finanziert sich zu 75 % aus Mitgliedsbeiträgen und Gebühren. Etwa 25 % der Erträge stammen aus Zuwendungen aus der Gemeinschaftsaufgabe des Bundes und der Länder zur Förderung der Agrarstruktur und des Küstenschutzes sowie aus Mitteln der Umlage gemäß § 22 Milch- und Fettgesetz. Die Kosten der Tierkennzeichnung werden aus dem Beitragsaufkommen der Hessischen Tierseuchenkasse erstattet.
Die 1999 erlangte Akkreditierung des HVL-Labors gemäß DIN EN 45001 wurde im Jahr 2000 nach der neuen Norm DIN EN ISO/IEC 17025:2005 erweitert.
Im Jahr 1997 wurde das Tochterunternehmen, die ABCG Agrar-Beratungs- und Controll GmbH, gegründet. Die ABCG prüft als neutrale Kontrollstelle staatliche und privatwirtschaftliche Qualitäts- und Herkunftsprogramme auf allen Stufen der Erzeugung, Verarbeitung und Vermarktung im tierischen und im pflanzlichen Bereich.
Seit 1999 ist die ABCG nach der DIN EN 45011 akkreditiert. Das Aufgabenspektrum beinhaltet
u. a. die Prüfung der Rindfleischetikettierung, alle Produkte im Rahmen des QS-Prüfzeichens sowie der Qualitätsmarke "Geprüfte Qualität" des Landes Hessen. Weiterhin ist die ABCG von den Molkereien beauftragt, die Hofbegehungen im Rahmen des QM-Milch Systems durchzuführen. Die ABCG ist für Kontrollen im ökologischen Landbau nach EG-Öko-Verordnung zugelassen.